Genom wirusa pszczoły

W siódmym odcinku Franek i Jakub rozmawiają o kodzie genetycznym, genomie wirusa pszczoły DWV oraz genomie mitochondrium pszczoły AMM. Do zabawy w rozkodowanie genomu wirusa pszczoły i mitochondrium pszczoły - zainspirowali się po obejrzeniu serii dr Łukasza Lamży “Koronawirus pod lupą”. Wirus DWV to jeden z najbardziej znanych wirusów pszczoły miodnej i nie tylko miodnej. Kiedy namnoży się w ciele pszczoły w odpowiedniej ilości powoduje deformację skrzydeł uniemożliwiającą pszczole latanie, stąd jego nazwa: wirus zdeformowanych skrzydeł (po angielsku: deformed wing virus). W swojej zjadliwej formie choroby potrafi doprowadzić rodzinę pszczelą do zgonu. Zgodnie z sugestiami dr Łukasza Lamży najpierw pobraliśmy pełny zapis nukleotydów wirusa DWV typu A i mitochondrium pszczoły miodnej ciemnego podgatunku z tej strony. Później w programie Libre Office zamieniliśmy wersję zapisu informacji genetycznej z DNA na RNA oraz oczyściliśmy zapis z niepotrzebnych znaków. Następnie przepuściliśmy tak uzyskany czysty zapis nukleotydów przez aplikację do odczytania tzw. otwartych ramek odczytu (czyli już genów, które kodują określone białka). Wzięliśmy jedno z białek wirusa pszczoły i za pomocą aplikacji uzyskaliśmy model jego pięknej struktury przestrzennej. Wisienką na torcie, zresztą również zaproponowaną przez dr Łukasza Lamżę, było zainstalowanie na naszych komputerach gry Foldit. Czyli pożyteczną grę komputerową, w której - po wstępnym przyuczeniu - można układać przestrzennie struktury białek, pomagając przy okazji nauce. Jak okazuje się nie gorzej niż algorytmy sztucznej inteligencji. Bardzo ciekawe. Zdradzimy, że Franek tak się wkręcił, że gra prawie codziennie i może niebawem przejdzie wszystkie etapy szkoleniowe.